Botanica Pacifica. A journal of plant science and conservation Preprint
Article first published online: 27 NOV 2017 | DOI: 10.17581/bp.2017.06207
An electronic management system for a digital herbarium: development and future prospects
Dmitry E. Kislov, Vadim A. Bakalin, Elena A. Pimenova, Valentina P. Verkholat & Pavel V. Krestov
Botanical Garden and Institute FEB RAS, Vladivostok, Russia
The paper describes the structure and functional aspects of the electronic herbarium system with a web interface developed at the Botanical Garden-Institute FEB RAS (BGI) in 2016-2017. The main purpose of the system is to provide online access to the herbarium data, including online search operations and the facilities to enter new records into the herbarium database and to generate labels for specimens. The system is therefore multipurpose. It is primarily written in the Python programming language and has several key features: a two step validation process of digitized herbarium records, multi-user and multi-acronym support, semi-automatic herbarium sheet labelling based on entered data, handling of multispecies herbarium records (e.g. cryptogams), flexible taxon-level search and filtering within geographical areas via a web interface or automated search engine relying on HTTP API. The current system is actively used to manage a digital herbarium at the BGI, including its departments in Sakhalin and Amur Branches. The system can be used as well to integrate herbarium information from many other collections.
Кислов Д.Е., Бакалин В.А., Пименова Е.А., Верхолат В.П., Крестов П.В. Система управления электронным гербарием: разработка и перспективы развития. В статье рассмотрены структура и функциональные аспекты системы управления электронным гербарием, разработанной в Ботаническом саду-институте ДВО РАН (БСИ) в 2016–2017 гг. Назначение системы – обеспечить онлайн доступ к гербарным данным, включая базовые операции поиска и внесения записей в гербарную базу, а также создание макетов этикеток для гербарных образцов. Таким образом, система управления электронным гербарием представляет собой многоцелевой программный комплекс. Она написана преимущественно на языке программирования Python и обладает следующими возможностями: двухэтапным контролем оцифрованных гербарных образцов, поддержкой одновременной работы нескольких пользователей и управления несколькими гербариями с различными акронимами, полуавтоматической подсистемой этикетирования образцов, а также возможностью введения информации о многовидовых сборах (например, споровых), гибким поиском и фильтрацией его результатов, в том числе по географическим областям, с использованием как web-интерфейса, так и поисковых возможностей на основе HTTP API. Данная система используется для управления электронным гербарием в БСИ, включая его Сахалинский и Амурский филиалы. Система также может использоваться для интеграции гербарной информации коллекций других учреждений.
Keywords: herbarium, data, biodiversity, distribution, collection, digitization, plant, гербарий, данные, биоразнообразие, распространение, коллекция, оцифровка, растение
References
AVH 2012. The Australasian Virtual Herbarium. Available at https://avh.chah.org.au/. Last accessed: 31 October 2017.
BISON 2015. BISON: U.S. Geological Survey. Species occurrence data for the Nation—USGS Biodiversity Information Serving Our Nation. U.S. Geological Survey General Information Product 160, 1 p. Available at https://bison.usgs.gov/#home. Last accessed: 31 October 2017.
Django 2017. Django: The web framework for perfectionists with deadlines. Available at https://www.djangoproject.com/. Last accessed: 31 October 2017.
GBIF 2001. The Global Biodiversity Information Facility. What is GBIF? Available at http://www.gbif.org/what-is-gbif. Last accessed: 31 October 2017.
Jeroen, O., D.T. Lang & L. Hilaiel 2017. A robust, high performance JSON parser and generator for R. Available at https://cran.r-project.org/web/packages/jsonlite/jsonlite.pdf. Last accessed: 31 October 2017.
JSTOR 1995. JSTOR Global Plants. Available at https://plants.jstor.org/. Last accessed: 31 October 2017.
KEW 1853–2017. KEW: Herbarium Catalogue. Available at http://apps.kew.org/herbcat/gotoSearchPage.do. Last accessed: 31 October 2017.
Kislov, D.E. 2017a. Digital Herbarium’s HTTP API Description. Available at http://botsad.ru/herbarium/docs/en/http_api.html. Last accessed: 31 October 2017.
Kislov, D.E. 2017b. Herbarium Management App with Multiuser Support. 2017. Available at https://github.com/VBGI/herbs. Last accessed: 31 October 2017.
MW 1765–2017. MW: National Depository Bank of Live Systems. Moscow Digital Herbarium. Available at https://plant.depo.msu.ru/. Last accessed: 31 October 2017.
MySQL 2017. MySQL. The world’s most popular open source database. Available at https://www.mysql.com/. Last accessed: 31 October 2017.
Naturallis 1984–2017. Naturallis Biodiversity Center: BioPortal. Available at http://bioportal.naturalis.nl. Last accessed: 31 October 2017.
NYBG 1891–2017. The New York Botanical Garden. International Plant Science Center. Available at http://sciweb.nybg.org/science2/hcol/allvasc/index.asp. Last accessed: 31 October 2017.
PostGIS 2017. Spatial and geographic object for PostgreSQL. Available at http://postgis.net/. Last accessed: 31 October 2017.
PostgreSQL 2017. PostgreSQL. Available at https://www.postgresql.org/. Last accessed: 31 October 2017.
Python Software Foundation 2001. Python Language Reference. Available at http://www.python.org. Last accessed: 31 October 2017.
R Core Team 2016. R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna. Available at https://www.R-project.org/. Last accessed: 31 October 2017.
REST API 2016. What is REST API? RESTful API Tutorial. Retrieved 29 September 2016. Available at https://restfulapi.net/. Last accessed: 31 October 2017.
Seregin, A.P. 2016. Making the Russian flora visible: fast digitisation of the Moscow University Herbarium (MW) in 2015. Taxon 65(1):203–209. CrossRef
The Plant List 2017. The Plant List. Available at http://www.theplantlist.org/. Last accessed: 31 October 2017.
BGI FEB RAS 1974–2017. VBGI: Herbarium of the Botanical Garden Insitute FEB RAS. Available at http://botsad.ru/herbarium/. Last accessed: 31 October 2017.
|
|